Absolument. La technologie mNGS (séquençage métagénomique de nouvelle génération) peut détecter simultanément l'ADN et l'ARN, ce qui constitue l'un de ses avantages les plus significatifs par rapport aux méthodes de test traditionnelles. Cette combinaison de tests pour les agents pathogènes à ADN et à ARN est souvent appelée mNGS (pour les agents pathogènes à ADN) + RNA-Seq (pour les agents pathogènes à ARN), et en pratique clinique, est souvent collectivement appelée "séquençage métagénomique des agents pathogènes."

Ce qui suit explique en détail ses principes, ses avantages et ses scénarios d'application :

1. Comment réaliser la co-détection de l'ADN et de l'ARN ?

La co-détection n'est pas simplement une question de mise d'un échantillon dans une machine ; elle nécessite un processus de laboratoire spécifique :

Extraction des acides nucléiques de l'échantillon : Tout d'abord, l'acide nucléique total (comprenant à la fois l'ADN et l'ARN) est extrait des échantillons cliniques (tels que le sang, le liquide céphalo-rachidien et le liquide de lavage broncho-alvéolaire) à l'aide d'un kit d'extraction spécialisé.

Transcription inverse (étape clé) : De la transcriptase inverse est ajoutée à l'acide nucléique total extrait pour transcrire en sens inverse tout l'ARN (humain et pathogène) en ADN complémentaire (ADNc).

Construction de la librairie de séquençage : À ce stade, tout le matériel génétique de l'échantillon est converti en ADN (ADN d'origine + ADNc transcrit en sens inverse à partir de l'ARN). Cet ADN est ensuite fragmenté, des adaptateurs sont ajoutés et il est traité à l'aide d'un kit de construction de librairie universel pour construire une librairie prête pour le séquençage.

Séquençage à haut débit et analyse bioinformatique : Après le séquençage à haut débit de la librairie, la quantité massive de données générées subit des pipelines bioinformatiques spécialisés :

Suppression des séquences humaines : Les séquences appartenant au génome humain sont alignées et filtrées pour réduire le volume de données et améliorer la sensibilité analytique.

Comparaison taxonomique : Les séquences restantes sont comparées à une vaste base de données de micro-organismes pathogènes (y compris les bactéries, les virus à ADN, les virus à ARN, les champignons, les parasites et plus encore).

Génération de rapports : Un rapport est généré, énumérant tous les agents pathogènes suspectés détectés (y compris les virus à ADN et à ARN) et fournissant des informations pertinentes sur le nombre de lectures.

2. Les avantages significatifs de la co-détection ADN/ARN

Large spectre et sans hypothèse : Éliminant le besoin d'agents pathogènes pré-spécifiés, un seul test peut dépister tous les agents pathogènes potentiels dans un échantillon, y compris les virus inconnus, rares et émergents (par exemple, le SRAS-CoV-2 et les nouveaux Bunyavirus, découverts grâce à cette technologie).

Efficace et complet : Un seul test peut couvrir presque tous les agents pathogènes, ce qui le rend particulièrement adapté au diagnostic étiologique rapide chez les patients gravement malades, difficiles à diagnostiquer, à infections mixtes et immunodéprimés, évitant le processus de test traditionnel "un par un" qui prend du temps.

Découverte d'agents pathogènes inattendus : Des agents pathogènes non considérés auparavant sur le plan clinique peuvent souvent être découverts, fournissant de nouvelles informations diagnostiques.

3. Principaux scénarios d'application

Cette technologie n'est généralement pas le choix de première ligne, mais joue un rôle clé lorsque les méthodes traditionnelles ne peuvent pas clairement identifier la cause :

Fièvre d'origine inconnue (FUO)

Infection intracrânienne d'origine inconnue (telle que la méningite, l'encéphalite)

Pneumonie d'origine inconnue (en particulier chez les patients gravement malades et immunodéprimés)

Diagnostic étiologique du choc septique

Diagnostic des infections opportunistes

4. Limitations

Coût élevé : Le séquençage et l'analyse des données sont coûteux.

Exigences techniques élevées : Nécessite des capacités matérielles de laboratoire, des procédures opérationnelles et des capacités d'analyse bioinformatique extrêmement élevées.

Difficulté à distinguer la colonisation de l'infection : La détection d'une séquence microbienne ne garantit pas qu'elle est la coupable ; les cliniciens doivent procéder à une évaluation complète basée sur les symptômes, les signes et les autres résultats des tests du patient.

Problèmes de sensibilité : Certains échantillons avec de faibles charges pathogènes peuvent manquer de détection.

En résumé, la technologie mNGS, grâce à l'étape clé de la "transcription inverse", permet avec succès la détection simultanée des agents pathogènes à ADN et à ARN. Il s'agit d'un outil de dépistage des agents pathogènes puissant et non biaisé qui joue un rôle irremplaçable dans le diagnostic des infections difficiles et critiques et constitue une avancée importante dans la technologie de diagnostic médical moderne.